Боевым пилотом робота серии «Еванглион» становится 14-летний Синдзи Икари — сын руководителя NERV Гэндо Икари, замкнутый и необщительный подросток, тяжело переживающий отдаление отца. Схожими проблемами страдают не только другие юные пилоты, но и взрослые сотрудники организации, от которых начальство скрывает истинный смысл проекта.

2015 год, Токио-3. 15 лет назад произошёл Второй удар, в результате чего Антарктида растаяла, Землю накрыла глобальная катастрофа, и большая часть человечества погибла. Теперь планету атакуют Ангелы — загадочные существа, противостоять которым могут только созданные с помощью биотехнологий гигантские роботы серии «Евангелион». 14-летний Синдзи

Воздушный флот организации WILLE успешно проводит парижскую операцию: отбивается от армии беспилотных роботов, активирует гигантский уплотнительный столб, восстанавливает город и заполучает боеприпасы и запчасти «Евангелионов». А в это время потерявший волю к жизни из-за смерти Каору и чуть было не устроенного им самим Четвёртого удара Синдзи

Через предательство и кровь к власти пришел новый король. Его демоны-подручные чинят несправедливости до тех пор, пока в город однажды ночью не приходит тяжело вооруженный воин. Весь покрытый оружием, броней и шрамами он называет себя Чёрным Мечником. Размеры его меча могут сравниться только с его ненавистью к королю и его демонам.

Синдзи уже почти смирился с необходимостью управлять боевым роботом «Ева-01», когда он знакомится с новыми девушками-пилотами, которым искренне нравится их занятие: загадочной британкой Мари и бойкой немкой Аской. Аска, как и Синдзи, заселяется в квартиру Мисато и начинает учиться с ним и Рэй в одном классе. Также в NERV прибывает старый знакомый

Синдзи приходит в себя после комы, в которую он впал, пытаясь спасти Рэй из поглотившего её Ангела. Мало того, что на парня надет сдерживающий ошейник, так ещё и Мисато, Аска и другие теперь сражаются на стороне организации WILLE против NERV. Оказывается, что после Третьего удара прошло уже 14 лет, но из-за так называемого проклятия «Евы» пилоты