Коко растет в джунглях под опекой Заруда-отшельника. Он знакомится с Эшем и Пикачу и узнает о мире людей, а также об опасности, которая грозит его дому.
Главный герой – покемон Мьюту, созданный в секретной лаборатории для уничтожения человечества. Узнав об этой миссии, он восстаёт против своих создателей.